Les meilleurs experts-comptables spécialisés en JEI – jeune entreprise innovante en 2026

38cabinets spécialisés·4.7moyen sur 206 avis Google·MAJ juin 2026

Le statut de Jeune Entreprise Innovante (JEI) impose des enjeux comptables et fiscaux spécifiques, notamment la justification des dépenses de R&D éligibles au CIR, la gestion des crédits d’impôt innovation (CII) et le respect des critères d’éligibilité (50 % de charges de R&D). Les postes de coûts liés à la propriété intellectuelle, aux subventions et aux levées de fonds nécessitent un suivi rigoureux pour éviter les redressements. Une expertise pointue est indispensable pour optimiser les avantages fiscaux tout en sécurisant la conformité.

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Sélection des 36 cabinets les mieux notés parmi les 38 référencés jei – jeune entreprise innovante en France.

📍 Région

5.0★★★★★37 avis Google#001

Comptartois

1 BOULEVARD CARNOT·62000 Arras

✓ Ordre EC⭐ Fiche enrichie

Focus : Expertise jei – jeune entreprise innovante déclarée (cabinet focalisé)

Spécialités: cir recherche dossier complet, jei jeune entreprise innovante
Services +3: tenue comptable, paie sociale, creation entreprise

★"Je suis allée consulter cet expert-comptable afin d’obtenir des renseignements pour la future création de mon entreprise. Il a su répondre clairement…"
— Angèle Meunier· il y a 8 mois· Avis Google

Voir la fiche complète →06 58 01 66 95

comptartois.fr

5.0★★★★★15 avis Google🏆 Top 25%#002

Alma Expertise Comptable

1 RUE DES JARDINS·20200 Bastia

✓ Ordre EC⭐ Fiche enrichie

Focus : Expertise jei – jeune entreprise innovante déclarée (cabinet focalisé)

Secteur: Infirmier IDEL
Spécialités +1: lbo obo management package, jei jeune entreprise innovante
Services +6: tenue comptable, paie sociale, fiscalite dirigeant

★"Je recommande vivement le cabinet Alma Expertise comptable. Marie est vraiment une pépite. En plus d’être à l’écoute de ses clients elle donne des con…"
— Sarah Guidoni· il y a 2 ans· Avis Google

Voir la fiche complète →06 25 21 29 64

alma-expertise-comptable.monsitemedia.fr

4.6★★★★★19 avis Google#003

Avexxens

PEPINIERES D'ENTREPRISES EUREKA - RUE GUTENBERG - ZAC MARMANDE SUD - ZA·47250 Samazan

✓ Ordre EC⭐ Fiche enrichie

Focus : Expertise jei – jeune entreprise innovante déclarée (cabinet focalisé)

Secteur: Profession liberale
Spécialités +1: jei jeune entreprise innovante, cir recherche dossier complet
Services +8: tenue comptable, paie sociale, fiscalite dirigeant

Cabinet animé par 3 experts-comptables associés impliqués directement dans les missions.

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avexxens-expert-comptable.fr

5.0★★★★★24 avis Google🏆 Top 10%#004

Baker Tilly Strego

PLAINE DES VAUX - 44 RUE BERNARD PALISSY·37500 Chinon

✓ Ordre ECEST. 2011 · 15 ANS⭐ Fiche enrichie🌍 2 langues

Présence : Compétence jei – jeune entreprise innovante déclarée · 5,0★ (24 avis)

Secteur: Economie sociale solidaire
Spécialités +54: pacte dutreil, holding patrimoniale passive
Services +10: tenue comptable, paie sociale, fiscalite societe
Outils: silaepower bi
Certif.: Label Lucie 26000

★"J avais choisi BakerTilly pour m accompagner dans le lancement de mon entreprise il y a maintenant tout juste un an ! Je ne regrette absolument pas m…"
— cauzette charles· il y a 2 ans· Avis Google

Voir la fiche complète →02 47 93 16 90

bakertilly.fr

5.0★★★★★3 avis Google🏆 Top 25%#005

Maubourg Expertise

223 GRANDE RUE·92380 Garches

✓ Ordre ECEST. 2009 · 17 ANS⭐ Fiche enrichie

Focus : Expertise jei – jeune entreprise innovante déclarée (cabinet focalisé)

Secteur: Hôtellerie
Spécialités +1: cac audit legal classique, lmnp lmp optimisation amortissement
Services +7: tenue comptable, paie sociale, fiscalite societe
Certif.: Ordre des Experts-Comptables, Compagnie Régionale des Commissaires aux Comptes de Paris IDF

★"Sérieux, efficace et très professionnel. L'équipe de Maubourg Expertise est toujours disponible pour accompagner et nous conseiller au quotidien."
— Franck BOURGEOIS· il y a 3 ans· Avis Google

Voir la fiche complète →09 75 27 68 14

maubourgexpertise.fr

5.0★★★★★3 avis Google#006

Agecca

22 RUE ARISTIDE BRIAND·37300 Joué-lès-Tours

✓ Ordre EC⭐ Fiche enrichie

Focus : Expertise jei – jeune entreprise innovante déclarée (cabinet focalisé)

Secteur: Agriculture polyculture
Spécialités +1: jei jeune entreprise innovante, redressement judiciaire continuation
Services +8: tenue comptable, paie sociale, fiscalite societe
Outils: cegid

★"Cabinet comptable largement à la hauteur très professionnelle et très à l écoute de ses clients"
— jean luc berger· il y a 2 ans· Avis Google

Voir la fiche complète →02 46 65 53 70

agecca.fr

4.2★★★★★24 avis Google🏆 Top 25%#007

Cogep

8 PLACE DE LA LIBERTE·45110 Châteauneuf-sur-Loire

✓ Ordre ECEST. 1971 · 55 ANS⭐ Fiche enrichie🌍 2 langues

Présence : Compétence jei – jeune entreprise innovante déclarée · 4,2★ (24 avis)

Secteur: Agriculture polyculture
Spécialités +34: pacte dutreil, audit social due diligence sociale
Services +13: tenue comptable, paie sociale, fiscalite dirigeant
Outils: power bi

★"Je suis cliente du cabinet COGEP à Châteauneuf depuis la création de mon entreprise (8ans), et je ne pourrais être plus satisfaite des services reçus…"
— Joanna Di Lauro· il y a un an· Avis Google

Voir la fiche complète →02 38 58 59 89

cogep.fr

5.0★★★★★14 avis Google🏆 Top 25%#008

Mtlc

BATIMENT B - 10 B RUE DU FORT SAINT IRENEE·69005 Lyon

✓ Ordre EC⭐ Fiche enrichie🌍 2 langues

Présence : Compétence jei – jeune entreprise innovante déclarée · 5,0★ (14 avis)

Secteur: LMNP / LMP meublé
Spécialités +4: lmnp lmp optimisation amortissement, jei jeune entreprise innovante
Services +10: tenue comptable, paie sociale, fiscalite dirigeant
Outils: pennylanesilae

★"En dehors des prestations habituelles d'un cabinet d'expertise comptable, qui ont toujours été réalisées à notre entière satisfaction, nous apprécions…"
— Christian Ahrens· il y a 10 mois· Avis Google

Voir la fiche complète →06 74 68 99 69

mtlc-conseil.fr

5.0★★★★★13 avis Google🏆 Top 25%#009

Experts & Entreprises

90 RUE VENDOME·69006 Lyon (69006)

✓ Ordre ECEST. 2016 · 10 ANS⭐ Fiche enrichie

Présence : Compétence jei – jeune entreprise innovante déclarée · 5,0★ (13 avis)

Secteur: Startup SaaS B2B Tech
Spécialités +7: cir recherche dossier complet, cii innovation
Services +6: tenue comptable, paie sociale, fiscalite dirigeant
Certif.: Inscrit à l'Ordre des Experts-Comptables

Cabinet inscrit à l'Ordre des Experts-Comptables depuis 2016

Voir la fiche complète →04 78 08 03 70

finatec-expertise.com

4.7★★★★★16 avis Google🏆 Top 25%#010

Smart Expert

30 RUE DES VILLENEUVES·45170 Neuville-aux-Bois

✓ Ordre EC⭐ Fiche enrichie

Présence : Compétence jei – jeune entreprise innovante déclarée · 4,7★ (16 avis)

Cabinet d'expertise comptable digitalisé spécialisé dans l'accompagnement des startups, de la création à la levée de fonds.

Secteur: Startup SaaS B2B Tech
Spécialités +5: cir recherche dossier complet, cii innovation
Services +4: tenue comptable, paie sociale, fiscalite societe
Outils: pennylanepower bi

★"Smart Expert agit comme un véritable partenaire de l'entreprise. Nous apprécions tout particulièrement l'approche entièrement numérique du cabinet qu…"
— Edward Klein· il y a 3 ans· Avis Google

Voir la fiche complète →06 52 58 67 73

smart-expertise-comptable-startups.fr

3.7★★★★★15 avis Google#011

Coval

RESIDENCE LE NIL - 29 PROMENADE DE LA RAMBLA·83270 Saint-Cyr-sur-Mer

✓ Ordre EC⭐ Fiche enrichie

Présence : Compétence jei – jeune entreprise innovante déclarée · 3,7★ (15 avis)

Cabinet généraliste sans angle distinctif identifié dans le corpus.

Spécialités +3: cir recherche dossier complet, jei jeune entreprise innovante
Services +9: tenue comptable, paie sociale, fiscalite societe
Outils: pennylanesilae

★"Une équipe au top ! Toujours disponible, réactive et de bon conseil, le cabinet nous accompagne avec sérieux mais aussi avec beaucoup de bienveillance…"
— victor chabaud· il y a 8 mois· Avis Google

Voir la fiche complète →04 94 26 32 10

coval-conseil.fr

5.0★★★★★4 avis Google🏆 Top 25%#012

Qantalis Expertise

43 RUE JEAN MOULIN·56300 Pontivy

✓ Ordre EC⭐ Fiche enrichie

Présence : Compétence jei – jeune entreprise innovante déclarée

Secteur: BTP artisan
Spécialités +3: cir recherche dossier complet, cii innovation
Services +11: tenue comptable, paie sociale, fiscalite dirigeant

5 agences implantées au cœur du Morbihan

Voir la fiche complète →02 97 25 03 11

qantalis.com

5.0★★★★★4 avis Google🏆 Top 10%#013

Cogep

ZA DU PARC D ACTIVITE DES BELLEVUES - 16 RUE ROSA LUXEMBURG·95610 Éragny

✓ Ordre ECEST. 1971 · 55 ANS⭐ Fiche enrichie🌍 2 langues

Présence : Compétence jei – jeune entreprise innovante déclarée

Secteur: Agriculture polyculture
Spécialités +8: pacte dutreil, audit social due diligence sociale
Services +13: tenue comptable, paie sociale, fiscalite dirigeant

★"Bonjour Je tiens vraiment à souligner tous les professionnels de chez COGEP pour leur dévouement, leur professionnalisme, leur compétence, leur gentil…"
— Michel RALU· il y a 5 ans· Avis Google

Voir la fiche complète →01 30 32 37 74

cogep.fr

3.7★★★★★3 avis Google#014

Recci Breuillet

9 BOULEVARD DU GENERAL DE GAULLE - MEREVILLE·91660 Méréville

✓ Ordre EC⭐ Fiche enrichie

Focus : Expertise jei – jeune entreprise innovante déclarée (cabinet focalisé)

Spécialités +1: cir recherche dossier complet, cii innovation
Services +5: tenue comptable, paie sociale, fiscalite dirigeant

★"De mon coté je recommande ce cabinet à tous les entrepreneurs J’ai eu comme contact principal Mr A.Antraygues qui m’a conseillé lors d’un premier rdv…"
— Adil Khenniche· il y a 6 ans· Avis Google

Voir la fiche complète →01 70 61 14 10

recci.fr

Non noté

Pas de Google
Business Profile

#015

Adquo Provence

36 AVENUE JEAN MONNET·84310 Morières-lès-Avignon

✓ Ordre EC⭐ Fiche enrichie🌍 3 langues

Spécialisation : Cabinet spécialisé dans les sociétés innovantes (CIR/JEI) et le secteur du bâtiment.

Secteur: BTP artisan
Spécialités +3: cir recherche dossier complet, jei jeune entreprise innovante
Services +8: tenue comptable, paie sociale, fiscalite societe

Patrick Crespin est correcteur du Diplôme final d’expertise comptable.

Voir la fiche complète →09 67 24 05 10

adquo.fr

Questions fréquentes

Expert-comptable jei – jeune entreprise innovante : ce qu'il faut savoir

Comment choisir un expert-comptable spécialisé pour une JEI ?

Pour une Jeune Entreprise Innovante, privilégiez un cabinet maîtrisant les dispositifs fiscaux comme le CIR et le CII, ainsi que les obligations liées aux levées de fonds. EXPERTS & ENTREPRISES accompagne des startups SaaS et healthtech, tandis que CAPITAL EXPERTISE COMPTABLE se concentre sur les fintechs et l’optimisation des BSPCE. Vérifiez leur expérience en audit des dépenses R&D et en reporting financier pour les investisseurs.

Quelles sont les spécificités comptables et fiscales d’une JEI ?

Une JEI doit justifier annuellement que 15 % minimum de ses charges sont consacrées à la R&D pour conserver son éligibilité. Les cabinets comme ADQUO ET ASSOCIES ou EXTENTIS CONSO aident à structurer les dossiers CIR/CII, à identifier les dépenses éligibles (salaires des chercheurs, brevets) et à sécuriser les déclarations fiscales. Les exonérations de charges sociales sur les rémunérations des chercheurs nécessitent aussi un suivi précis.

Quels sont les tarifs moyens d’un expert-comptable pour une JEI ?

Les honoraires varient selon la complexité des dossiers R&D et le volume de transactions. Pour une JEI, comptez entre 200 € et 500 €/mois pour une comptabilité mensuelle incluant le suivi des crédits d’impôt. COMPTARTOIS propose des forfaits adaptés aux startups innovantes, tandis que SMART EXPERT intègre des outils comme Pennylane pour un pilotage en temps réel. Les audits de dépenses R&D peuvent coûter entre 1 500 € et 4 000 €.

Quels outils ou logiciels sont adaptés à la comptabilité d’une JEI ?

Les JEI ont besoin de solutions permettant un suivi précis des dépenses R&D et une intégration avec les outils de paie pour les exonérations sociales. MTLC utilise Pennylane et Silae pour automatiser la gestion des crédits d’impôt et des levées de fonds. COVAL combine ces outils avec des tableaux de bord Power BI pour un reporting financier adapté aux investisseurs. Ces logiciels facilitent aussi la préparation des dossiers CIR/CII.

Faut-il privilégier un expert-comptable local ou à distance pour une JEI ?

Un accompagnement à distance est souvent suffisant pour les JEI, surtout si le cabinet maîtrise les enjeux spécifiques des startups tech. ALMA EXPERTISE COMPTABLE propose un suivi dématérialisé avec des outils collaboratifs, idéal pour les levées de fonds. Cependant, un cabinet local comme ADQUO DROME ARDECHE peut être utile pour des audits sur site ou des réunions stratégiques avec les investisseurs.

Quelles sont les erreurs fréquentes à éviter en comptabilité pour une JEI ?

Les erreurs courantes incluent une mauvaise classification des dépenses R&D, entraînant des redressements fiscaux, ou un suivi insuffisant des exonérations sociales. EXPERT ACTIVE souligne l’importance de documenter chaque dépense éligible (brevets, prototypes) et de respecter les seuils de R&D. AVEXXENS recommande aussi de vérifier régulièrement l’éligibilité du statut JEI, notamment après une levée de fonds ou un changement d’activité.

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